Роден во Охрид на Божик, во далечната 1847 година, Преподобниот Јоаникиј Ракотински уште од младоста го избрал патот на духовното служење и подвигот. Монашкиот постриг го примил во 1873 година во манастирот „Свети великомаченик Пантелејмон“ во Нерези, по што започнува неговото долго и тешко духовно патешествие низ манастирите на Македонија.
По Нерези, кратко време престојувал во манастирот Горен „Свети Илија“ во селото Бањани, а веќе во 1874 година станал дел од братството на Марковиот манастир. Неговиот животен и духовен пат конечно го води во селото Ракотинци, каде што се населил и со голема пожртвуваност го обновил манастирот „Свети Илија“, кој станал духовно прибежиште за народот од околината.
Во 1896 година, Преподобниот Јоаникиј основал келијно училиште за деца, во време кога образованието било реткост, а духовната и националната свест била под силен притисок. Народот го памети и како исцелител – со молитви и со лекови од природата ги лекувал болните, без оглед на нивната сиромаштија или страдање.
Неговиот живот се одвивал во едно од најтешките историски периоди: за време на османлиското владеење, Балканските војни и Првата светска војна. Тоа биле години на постојани прогони, несигурност и сенародно страдание. Како духовник, бил изложен на сериозни притисоци и малтретирања од турските власти, како и од локални турски и арнаутски одметници, кои во неколку наврати се обиделе да му го одземат животот.
И покрај сè, Преподобниот Јоаникиј останал непоколеблив во верата и служението. Во 1913 година бил произведен во игумен, а во 1935 година ја добил честа да биде воздигнат во архимандрит, како признание за неговиот долгогодишен подвиг и духовен авторитет.
Се упокоил на 24 јануари 1940 година. По неговото преставување пред Господа, во неколку наврати било откривано неговото нераспаднато тело, од кое се ширел пријатен и необјаснив мирис – сведоштво кое верниците го сметаат за знак на светост и Божја благодат.
